A Confraria de Queijo de São Jorge é a entidade responsável pela avaliação do produto Queijo São Jorge e pela sua classificação enquanto Denominação de Origem Protegida (DOP).
Na prova de certificação, os provadores avaliam a forma, a crosta, a pasta, o sabor e o cheiro do queijo, atribuindo-lhe uma classificação. Os queijos que não conquistam a pontuação necessária para serem considerados DOP são comercializados com a denominação Queijo Ilha ou com as marcas das respetivas fábricas.

A prova sensorial inicia-se apenas após a solicitação por parte dos produtores, que propõem os lotes de queijos propostos para avaliação. Para tal, reúne-se um painel de cinco provadores qualificados numa câmara constituída por cabines individuais. A preparação das amostras é efetuada com os provadores já presentes. São avaliados e classificados 30 queijos, sendo a prova dividida em três partes, com intervalos de 15 minutos, de forma a evitar saturação. Os provadores utilizam a maçã e a água, entre cada amostra, para neutralizar a cavidade bucal, minimizando, desta forma, possíveis influências na avaliação entre amostras.